南京市现有五大宗教：佛教、道教、伊斯兰教、天主教和基督教。目前五大宗教均成立了市级宗教团体：南京市佛教协会、南京市道教协会、南京市伊斯兰教协会、南京市天主教爱国会、南京市基督教三自爱国运动委员会和基督教协会（两块牌子一套班子，通常简称基督教“两会”）。