方山古洞玄观至今已有1800多年的历史，为东吴开国帝王孙权敕建的皇家道观，是南方道教的发源地之一，在中国道教史上有举足轻重的地位，历史上规制颇高，规模宏大，信众遍及天下，影响深远。而其创始者为六朝时的高道葛玄，他是道教养生学及炼丹史上的重要代表人物。其侄葛洪正是得益于先人葛玄，在洞玄观修道，终于炼成金丹，成为中国历史上著名的化学家，“金丹炼成亏葛洪”一直被广大百姓与中医们铭记，为中华传统医学与养生学的发展做出了卓越贡献。

方山古洞玄观遗址现存有洗药池、古井两口以及急待维修的危房两栋。此外，洞玄观有一传家宝龟蛇玄武青铜器在明代被张三丰借于武当展示，六百年再没回祖地洞玄观，现存于武当博物馆，成为该馆镇馆之宝。

2008年3月19日，方山洞玄观经江苏省宗教事务局批准恢复筹建。在方山风景区内复建古洞玄观，填补了南京江宁区无道教宗教活动场所的空白，对传承道教文化与发扬中国传统文化有着十分重要的意义。